Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природно-географические, экономические и культурные особенности района. Анадырский район самый крупный среди районов Чукотского автономного округа. Природа его богата и разнообразна - от холодных горных тундр севера до непроходимых стланиковых зарослей юга района. Анадырский район играет ведущую роль в оленеводстве и рыбном промысле Чукотки. Северный олень, изображенный на флаге, играет огромную роль в жизни местного населения: это и транспорт, и пища, и теплая одежда. Отношение к оленям здесь особое, они герои многих легенд и преданий, передаваемых из уст в уста, от поколения к поколению. Пояс из серебряных и красных треугольников, являющийся частью народного орнамента, аллегорически символизирует мирную жизнь многонационального района - здесь проживают чукчи, чуванцы, ламуты, юкагиры, эвены, русские. Реки района богаты рыбой: сиг, хариус, чир, щука, кета водятся в местных реках в изобилии, это на флаге отражено изображением двух золотых рыб. Летящая на фоне солнца чайка аллегорически символизирует район как воздушные ворота Чукотки. Здесь расположен аэропорт и международный аэровокзальный комплекс. Использование на флаге желтого (золото) и белого цвета (серебро) символизирует промышленную добычу этих металлов в районе. Здесь также выявлено и разведано одно из крупнейших в мире месторождений ртути - Тамватнейское. Золото - символ богатства, стабильности, энергии, уважения и интеллекта. Серебро - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания, а также бескрайних северных просторов. Синий цвет - символ чести, благородства, духовности, чистого неба и синего моря. Красный цвет - символ труда, мужества, силы, красоты и праздника. | 
