Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природные, исторические и культурные особенности Баяндаевского района. Район располагается на Ангаро-Ленском водоразделе. Наиболее крупное в Усть-Ордынском округе термокарстовое озеро Нухунур находится в Баяндаевском районе. Местное население считает это озеро священным и магическим. Голубой восьмиугольник - символ священного озера, символ целебной силы воды. Фауна района богата ценным пушным зверьем: соболь, белка, лисица, колонок, горностай. В Баяндаевской тайге водятся величественные лоси, красивые изюбри, стремительные косули и кабарга. Кабарга - исчезающий вид рода оленьевых, занесенный в красную книгу России. Изображение кабарги на флаге района - напоминание о необходимости бережного отношения к природе. Узкая кайма вокруг восьмиугольника - символизирует внешний край основания юрты - основного вида жилища многих коренных жителей Баяндаевского района. Желтые (золотые) монеты, подвешенные к кайме круга, представляют ожерелье, символика которого многозначна: - оберег в бурятской культуре, традиционный элемент национального костюма буряток; - косвенно указывает на название района, перевод которого означает "Богатое место". Красный цвет - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая. Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. | 
