Флаг города разработан на основе герба. Становление и развитие Боготола во многом связано с Московско-Сибирским трактом, а также с Сибирской железнодорожной магистралью. Старый Боготол был крупным притрактовым селом. Удачное расположение позволило селу со временем стать значимым торговым центром округа, а при строительстве в 1890-х годах железной дороги, в Боготоле была образована железнодорожная станция. Современный город Боготол - один крупных железнодорожных узлов Красноярского края здесь расположены многочисленные службы железной дороги: локомотивное депо, вагонное депо, дистанция пути, дистанция связи, участок энергоснабжения. Боготол - молодой, динамично развивающийся город (статус города он приобрёл в 1911 году). Девизом местных жителей стала фраза: "Боготольцы верят в будущее развитие города и России". Фигуры флага отражают особенности города: - Единорог - исторический символ, использовавшийся еще на печать Красноярского острога в 1644 году, подчеркивает особую роль Боготола в жизни Красноярского края. Единорог опирающийся на колесо символизирует важность боготольского транспортного узла для экономики всего края. - Единорог - традиционный символ силы и непобедимости, процветания, благоденствия, животворной энергии. - Колесо - символ движения вперед, развития, неутомимости, в гербе города также символизирует транспортный узел. Жёлтый цвет (золото) - символ уважения, интеллекта, богатства, стабильности. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты. Зелёный цвет - символ природы, здоровья, жизненного роста; в гербе города подчёркивает плодородие боготольской земли. | 
