Современная территория Большечерниговского района с середины XIX века заселялась в основном переселенцами из Черниговской губернии. Именно этот исторический факт положен в основу флага Большечерниговского района. Цвета полотнища (бело-голубого) аллегорически указывают на Черниговскую и Самарскую губернии соответственно. Центральной фигурой флага Большечерниговского района взята фигура чёрного орла из герба города Чернигова Черниговской губернии, как дань памяти жителей района о своей "малой родине" на Украине - городе Чернигове, что отражено в названии райцентра - Большая Черниговка. Коронованный орел со скипетром символизирует власть, величие, храбрость, победу. Серебряная часть герба аллегорически показывает район как степной - с характерной степной растительностью: ковыль, острец, полынь, молочай - эти травы в степи смотрятся как серебряный ковер. Лазоревая часть герба символизирует протекающую по территории Большечерниговского района реку Большой Иргиз ("мужественная девушка"), с происхождением названия которой связаны различные легенды. Белый цвет (серебро) - символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности. Голубой цвет (лазурь) - символ славы, чести, верности, искренности. Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия. Желтый цвет (золото) - символ верховенства, величия, уважения, богатства. | 
