Флаг сельского поселения "Ботовское" составлен на основе герба сельского поселения "Ботовское" и повторяет его символику. Административным центром сельского поселения "Ботовское" является село Большие Боты, расположенное в восточной части Сретенского района в 58 км от Сретенска на левом берегу реки Шилки. В состав сельского поселения и в его границы входят села Мангидай, Аргун и Чалбучи, а также населенный пункт дом отдыха "Чалбучи". Села, в том числе Большие Боты являются одними из старинных поселений Забайкалья. Село Боты возникло в результате геополитических событий, происходящих в Даурии в конце XVII - первой четверти XVIII столетия. В частности, когда после заключения Нерчинского договора 1689 года между Россией и Цинской империей приграничные реки Шилка и Аргунь начали активно заселяться первыми русскими жителями. Село активно развивалось. Со второй половины XIX века оно вошло в состав казачьей станицы Куларской. В первые годы Советской власти на этих землях возникли коммуны и коллективные хозяйства. В настоящее время наряду со многими личными подсобными хозяйствами в сельском поселении сохранена и коллективная форма ведения хозяйства. О начальной истории современного сельского поселения во флаге говорит серебряная лодка (бот). Село Боты в прошлом носило и второе название "Плотниково", поскольку основной состав его жителей состоял из мастеров-плотников, сооружавших из соснового леса, произрастающего по берегам реки, столь необходимые в быту и на водном пути на восток России небольшие речные суда. По всей Сибири от северных морских путей до южных границ Китая в старину эти гребные и парусные лодки назывались ботами (ботиками). Бот предназначался для транспортировки рыболовного и охотничьего промысла, то есть для того, чем занимались жители поселения во все времена. Изображение бота делает символику "гласной", отражая название сельского поселения - Ботовское. Синяя (лазоревая) оконечность, на которой расположен бот, символизирует богатейшие водные ресурсы местности - промысловую и судоходную реку Шилку с её притоками. Зеленые ветки багульника с распустившимися цветками символически отражают сохраненные лесные массивы территории, включая сосновый бор Чалбучи, редкий кедр и кедровый стланик, и всё биологическое разнообразие природы территории. Количество цветков на каждой ветке аллегорически показывают пять населенных пунктов, входящих в состав сельского поселения "Ботовское". Цветы багульника - символ одного из красивейших ландшафтов России. Медведь, сидящий между веток багульника, - символ богатого животного мира окрестностей сельского поселения "Ботовское". Символика поселения вписана в его исторический контекст, показывая бережное отношение населения к своему прошлому и природным ресурсам, верность историческим традициям и сохранению преемственности многих поколений. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: - белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; - синий (лазоревый) цвет - символ ясного неба и рек, представляет высоту и глубину, постоянство и преданность, правосудие и совершенство; - зеленый цвет - это цвет природы, означает плодородие полей и символизирует жизнь, здоровье, надежду, возрождение; - черный цвет - символ мудрости, покоя; - малиновый (пурпурный) цвет - символ уважения и древнего происхождения. | 
