Флаг Чаа-Хольского кожууна составлен на основании герба Чаа-Хольского кожууна и повторяет его символику. Во флаге Чаа-Хольского кожууна языком символов и аллегорий выражено стремление местных жителей к высоко духовной и гармоничной жизни, единству с природой и верности традициям предков. На территории Чаа-Хольского кожууна находится уникальный всемирно известный исторический памятник "Буддийская ниша", расположенный на левом берегу реки Чаа-Холь на высоте четырех метров от подножия горы Суме. В мире были высечены всего три подобных ниши: в Тибете, в Афганистане1 и в Чаа-Хольском кожууне Республики Тыва. Изображение Будды и двух бодхисатв на горе Суме выдолблена в начале ХIII века. Слева и справа видны были силуэты верных стражей. Ниша относится к Юаньскому периоду (1260-1368гг.), имеет высоту один метр, ширину 60 см, а глубину 86 см. Она всегда была местом паломничества туристов и поклонения местных жителей. В 90-х годах часть территории Чаа-Хольского кожууна попала в зону затопления Саяно-Шушенского водохранилища, разлившуюся реку Енисей символизирует лазуревое (синее) поле флага. С тех пор ниша в летнее время попадает под воду. В 2012 году построено подобие "Буддийской ниши" в верхней части горы "Суме", на недосягаемом водой месте. Эта достопримечательность Чаа-Хольского кожууна благоустроена местными жителями в рамках Республиканского проекта "Девять драгоценностей". Символика развевающейся ленты, уходящей за края флага, многозначна: - она напоминает хадак - буддистский длинный узкий платок, даримый в знак почтения, дружбы и пожелания удачи; традиционный символ чистоты, гостеприимства, доброжелательности; - в то же время, развевающаяся лента - символ памяти, традиций, передающихся из поколения в поколение. Единство человека с природой, аллегорически показанное хадаком, символизируют два основных цвета - зеленый (поля, степи, горы и леса) и лазоревый (реки, ручьи и озера). Примененные во флаге цвета дополняют его символику: зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду. синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы; малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности. желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, мира. | 
