Флаг Чеди-Хольского кожууна составлен на основании герба Чеди-Хольского кожууна и повторяет его символику. Чеди-Хольский кожуун, образованный в декабре 1993 года, является одним из самых молодых кожуунов в Республике Тыва. В то же время, историческое и культурное наследие коренных народов Чеди-Хольского кожууна богато и разнообразно. Автором названия Чеди-Холь, означающего Семиозёрье, стал национальный прозаик Тувы Кызыл-Эник Кудажы. Здешние места, чарующие своей красотой и чистым воздухом, по праву считаются одними из самых красивых в Туве. Множество природных и рукотворных достопримечательностей расположено на территории кожууна: это озёра, водопады, многочисленные источники, пещеры с наскальными рисунками и древними курганами. Лазоревое поле флага символизирует живописные озёра Чеди-Хольского кожууна и тем самым аллегорически отражает его поэтическое название. Территория Чеди-Хольского кожууна расположена на северных склонах хребта Западный Танну-Ола (Танды-Уула). В результате такого расположения горы сыграли роль стены, защищающей от ветров, и повлияли на образование условий для комфортного проживания людей. Желтый круг (золотой безант) обозначает солнце. Солнце - символ света и тепла, созидательной энергии, знаний и разума, героического начала, гармонии и главного божества во многих верованиях. Солнце в буддизме - символ успеха и благополучия. Шесть вершин горной гряды символизируют составляющие Чеди-Хольский кожуун шесть сумонов: Сайлыг, Хендергинский, Хову-Аксы, Холчук, Чал-Кежиг, Элегестинский. Горы - символ устойчивости, неизменности, твердости и ориентира. Белый цвет (серебро) на вершинах гор символизирует снег и ледники, которыми покрыты вершины гор Чеди-Хольского кожууна. Символика снежного барса многозначна: - ирбис (снежный барс) - традиционный символ сибирских земель, их красоты и процветания, поскольку именно пушнина, как "мягкое золото", издавна манила в далекие неизведанные края первопроходцев; - ирбис - животное, внесенное в "Красную книгу" Международного союза охраны природы (МСОП) и "Красную книгу" России, имеет статус редкого или исчезающего вида, символизирует богатую фауну Чеди-Хольского кожууна как кладезь природных сокровищ; - ирбис - символ мужества, быстроты, отваги, царственности. Серебряный камень, на котором стоит ирбис, аллегорически символизирует кобальт. Этот металл на территории Чеди-Хольского кожууна впервые был обнаружен в 1947 году. Композиция, в которой ирбис стоит на серебряном камне, аллегорически символизирует покровительство и защиту природных сокровищ родной земли и богатств её недр. Примененные в гербе цвета и металлы дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы; белый цвет (серебро) - символ совершенной пустоты, из которой рождается Вселенная, священный для тувинцев, божественный цвет молока, используемый в обрядах очищения и исцеления, символ открытости, божественной мудрости, примирения; желтый цвет(золото) символизирует высшую ценность, изобилие, богатство земли, солнечный свет и величие; черный цвет - символ мудрости, скромности, вечности бытия. | 
