Флаг Чегемского муниципального района разработан на основе герба Чегемского муниципального района и повторяет его символику, языком символов и аллегорий отражая его исторические, географические и природно-экономические особенности. Гора - символ устойчивости, неизменности и ориентира. Изображение горного водопада - символ одной из основных достопримечательностей Кабардино-Балкарской Республики, расположенной на территории Чегемского района - Чегемских водопадов, а также символ прекрасных и необычных природных мест, располагающих к развитию туризма. Традиционная ритуальная деревянная резная чаша золотого (желтого) цвета, геральдически выполненная дамасцировкой характерного растительного орнамента символизирует верность традициям и бережное отношение к национальной культуре, кроме того чаша, как таковая традиционно является символом щедрости, гостеприимства и благопожелания. Колосья - традиционный символ сельского хозяйства, а продетые через ручки чаши колосья символизируют сплоченность и единство в достижении цели. Примененные в гербе цвета и металлы дополняют его символику: пурпурный (темно-бордовый) цвет - символ древнего происхождения, знатности, могущества, справедливости и достоинства; голубой цвет (лазурь) - символ чести, благородства, духовности; желтый цвет (золото) - символ солнца, высшей ценности, величия, достатка, стабильности, интеллекта; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
