Флаг Черноярского района составлен на основании герба Черноярского района и повторяет его символику. За основу герба Черноярского района взят исторический герб уездного города Чёрный Яр Астраханской губернии, высочайше утверждённый 31 Июля 1853 года, подлинное описание которого гласит: "Щит герба раздълен на двъ равныя части: въ верхней изображенъ гербъ Астраханскiй, а въ нижней, серебряной, черная гора". Центр района - село Чёрный Яр - было основано в первой половине XVII столетия как сторожевая крепость в целях защиты Волжского торгового пути. Фигура черной остроконечной скалистой горы - гласный символ названия района. Гора - символ уверенности, устойчивости, нерушимости. Таким образом, исторический герб города Чёрный Яр отражает богатую историю района, а Черноярский район является геральдическим правопреемником города и отнесение сохраняющего силу исторического городского герба 1853 года ко всему району вполне обосновано. Примененные во флаге цвета символизируют: белый цвет (серебро) - символ чистоты, благородства, мира; жёлтый цвет (золото) - символ прочности, великодушия, богатства; синий цвет (лазурь) - символ искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели; черный цвет - символ благоразумия, мудрости, скромности, честности. | 
