Флаг городского округа Эгвекинот составлен основе герба городского округа Эгвекинот и повторяет его символику, языком символов и аллегорий отражая природные особенности и уникальное географическое положение городского округа. Городской округ Эгвекинот расположен в северо-восточной части Чукотского автономного округа и омывается на севере Чукотским морем, а на юге Беринговым морем, показанными во флаге синей полосой вдоль нижнего края. Две белые звезды указывают на то, что большая часть территории городского округа Эгвекинот находится за Северным полярным кругом, здесь же расположена уникальная географическая точка - пересечение Северного полярного круга и Гринвичского (0 - 180 градусов) меридиана. Белый медведь символизирует природное разнообразие и богатство городского округа Эгвекинот: здесь обитают многочисленные виды млекопитающих, в том числе морских, а также птиц, рыб и насекомых. Выступ земли, на котором стоит медведь, указывает на название административного центра - поселка Эгвекинот и самого городского округа, которое, в переводе с чукотского, означает "острая, твердая земля". Примененные во флаге цвета дополняют его символику: желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения; белый цвет (серебро) символизирует благородство, совершенство, мир и взаимопонимание; синий цвет (лазурь) - символ чести, искренности, верности; красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, красоты, жизненной силы. | 
