Флаг разработан на основе герба Ельнинского городского поселения, основой которого является исторический герб города Ельня Смоленского наместничества, Высочайше утвержденный 10 октября 1780 года (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: "Въ верхней части щита гербъ Смоленскiй: въ серебряномъ пол?, черная пушка, на золотомъ лафет?, а на пушк? райская птица. Въ нижней - три дерева ели въ б?ломъ пол?, означающiя имя сего города". Восстановление исторического герба города для современного Ельнинского городского поселения подчеркивает историческую, культурную и геральдическую преемственность, неразрывную связь многих поколений жителей города; показывает внимательное отношение ельнинцев к своему наследию. 28 июля 1981 года город Ельня был награжден орденом Отечественной войны I степени. В Указе Президиума Верховного Совета СССР говорилось, что этой награды город удостоен "за мужество и стойкость, проявленные защитниками города в годы Великой Отечественной войны, активное участие трудящихся в партизанском движении и успехи, достигнутые в хозяйственном и культурном строительстве". Орденская лента, которая может крепиться к древку флага, подчеркивает значительные заслуги города. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, развития. Черный цвет - символ плодородия, скромности, мудрости. | 
