Флаг Енотаевского района составлен на основе герба Енотаевского района, который составлен по гербу уездного города Енотаевска, Высочайше утвержденного 20 июля 1846 года императором Николаем I. Город был основан известным деятелем и историком В.В. Татищевым в 1742 году как крепость для защиты от степных кочевников, символом чего на флаге и является крепостная стена (красная полоса). Стена является символом защиты и разумного ограничения. Возвышающаяся над крепостной стеной сабля (по форме и положению подобная сабле из флага Астраханской области) символизирует территориальную принадлежность и подчиненность Енотаевского района Астраханской области. Сабля (меч) является также символом могущества, силы, власти, правосудия. Желтая (золотая) арка без ворот символизирует гостеприимство, а многочисленные кирпичики, из которых сложена крепостная стена - символ единения всех жителей района. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Красный цвет - символ мужества, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника. Голубой цвет - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая. | 
