Флаг Филисовского сельского поселения создан на основе герба Филисовского сельского поселения и повторяет его символику. Центр Филисовского сельского поселения - село Филисово - одно из древнейших в Ивановской области. Во времена татаро-монгольского ига здесь было стойбище сборщиков податей, после сражения на Куликовском поле в 1380 году эти земли были пожалованы герою битвы князю Дмитрию Боброку-Волынскому, а в начале XVIII века село Филисово унаследовал сподвижник Петра I Артемий Волынский. Серебряный крест - традиционная фигура из герба князей Волынских. Применение во флаге Филисовского сельского поселения креста - фигуры из герба рода Волынских - показывает уважительное отношение жителей к своей истории и преемственность поколений. Филин и сова являются гласными символами названия Филисовского сельского поселения, происхождение названия которого, по одной из версий, связано именно с этими двумя пернатыми. Филин символизирует бдительность, безопасность и защищенность от внешних угроз. Сова - символ мудрости, предвидения, рассудительности. Цвета флага Филисовского сельского поселения схожи с цветами герба Ивановской области и символизирует тесную связь, историческую, экономическую и культурную общность Филисовского сельского поселения с окрестными землями, преемственность и связь поколений. Применённые во флаге цвета символизируют: красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника; синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, преданности, мира; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства и взаимопонимания. | 
