Флаг Головинского сельского поселения создан на основе герба Головинского сельского поселения и повторяет его символику. О происхождении названия села Головино - административного центра Головинского сельского поселения - существует интересная легенда. Она гласит, что однажды ехала Екатерина Вторая из Петербурга в Крым мимо этого села, и услышала, что есть в селе бездонный колодец, а вода в нем целебная. Вот и свернули со шляха в село. Никто не ожидал высокую гостью и вместо традиционного каравая преподнесли царице вино. Выпила Екатерина вино и воскликнула: "Эх, голо вино без закуски". Так и пошло: "Голо-вино, да Голо-вино!". А императрица отведала и воду из целебного источника, который сохранился до наших дней. Кроме источника, с которым связано происхождение названия Головинского сельского поселения, здесь находится множество других источников, символически показанных белыми родниками живительной влаги. Зеленая оконечность своей необычной формой символически показывает, что территория Головинского сельского поселения имеет холмистый рельеф из-за многих оврагов. В состав современного Головинского сельского поселения входят восемь сел: Головино, Бехлевка, Болдыревка, Варваровка, Новая Нелидовка, Салтыково, Соловьёвка и Старая Нелидовка, что аллегорически символизируют восемь березовых листов. Растущие на одной ветке и уложенные в кольцо, они символизируют единство, тесную взаимосвязь и взаимоподдержку на пути к общей цели. Березовая ветвь - символ невинности, мягкосердечия, чистоты и красоты. Черный и зеленый цвета полосы, расположенной вдоль древка флага Головинского сельского поселения, перекликаются с цветами герба и флага Белгородского района, что символизирует принадлежность Головинского сельского поселения к Белгородскому району. Четырехлучевая звезда на середине черно-зеленой полосы символически показывает Головинское сельское поселение как одно из муниципальных образований Белгородского района (подобные звезды присутствовали на знаменах Белгородских полков XVII века, а также на полковом знамени Белгородского пехотного полка, учувствовавшего в Полтавской битве 1712 года). Звезда символизирует связь времен, надежду, целеустремленность в достижении мечты, путеводность, во все времена указывая людям верный путь. Такая полоса со звездой, расположенная вдоль древка флага Головинского сельского поселения, изображена во флагах всех городских и сельских поселений Белгородского района, тем самым создавая их геральдическое единство. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; черный цвет - символ мудрости, вечности и покоя; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. | 
