Флаг Илекского района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает природные исторические и культурные особенности района. Илекская земля имеет богатейшую интересную историю. Люди здесь появились около восьми тысяч лет назад, как только земля освободилась от ледника. Одним из известнейших памятников культуры мирового значения стали Филипповские курганы. Не случайно территория современного Илекского района всегда привлекала людей. Расположенный при слиянии рек Урал и Илек район находится сразу в двух частях света: левобережье Урала в Азии, а правобережье - в Европе. На флаге слияние двух рек отражено геральдической фигурой - синим вилообразным крестом. Синий цвет - символ водных просторов и чистого неба также символизирует честь, благородство, возвышенность устремлений. В начале XVIII столетия для защиты восточных границ государства от набегов нагайцев и других кочевых народов создаётся укреплённая линия по реке Яику (старое название Урала). 5 февраля 1737 года Яицкие казаки получили Высочайшее разрешение Анны Иоанновны на строительство в устье Илека крепости. Летом этого же года была утверждена станица, названная Илекским городком. Позже была создана Новоилецкая пограничная линия с целым рядом форпостов по реке Илек. Сегодня бывшая "Новоилецкая защита" снова стала государственной границей - с Республикой Казахстан. Жёлтая (золотая) стена - крепость в гербе района отражает доблесть местного населения свято выполняющего свой долг по охране границы вот уже несколько столетий. Красный цвет - символ мужества, силы, трудолюбия, красоты усиливает пограничную символику флага. Жёлтый цвет (золото) - символ урожая, плодородия, богатства, стабильности и солнечного тепла символизирует на флаге сельскохозяйственную направленность экономики района. | 
