Флаг разработан на основе герба городского поселения. Первое упоминание о Кандалакше относится к 1526 году, это одно из древнейших поселений Кольского полуострова. Место, на котором было основан поселок, во многом определило образ жизни местных жителей: Кандалакшский залив Белого моря славится богатством и разнообразием морской и пресноводной фауны. Изображенный на флаге карбас - самое распространенное в прошлом судно поморов символизирует традиционность рыбного промысла, который является основным занятием местных жителей на протяжении нескольких столетий. Символика летящей птицы на флаге многозначна: - уникальная природа северного края богата не только морскими обитателями: леса полны зверей, разнообразен мир пернатых. Особенно много птиц на морском побережье. Здесь зарегистрирован около трехсот видов птиц. Особую ценность представляет гага - морская утка, имеющая очень теплый и легкий пух. Именно с целью сохранения ныне редкой гаги в 1932 году был создан Кандалкшский заповедник. - Летящая птица символ свободолюбия, независимости, движения вперед, творческого озарения. Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания, северных просторов. Белый цвет созвучный с цветом алюминия на флаге Кандалакши аллегорически указывает на самое северное предприятие алюминиевой промышленности, расположенное здесь и являющееся одним из ведущих предприятий города. Синий цвет - символ чести, благородства, духовности, чистого неба и бескрайних морских просторов. Красный цвет - символ мужества, силы, отваги, труда подчеркивает весомый вклад местных жителей в освоение и развитие северного края ив мирное и в военное время. | 
