Флаг Каргопольского муниципального округа создан на основе герба Каргопольского муниципального округа и повторяет его символику, отражая его исторические и культурные особенности. За основу герба Каргопольского района взять исторический герб уездного города Каргополя Олонецкой губернии Новгородского Наместничества, Высочайше утвержденный 16 августа 1781 года, подлинное описание которого гласит: «В голубомъ поле лежащiй в огне на дровахъ баранъ натурального цвета. (Старый герб)». Центр современного района – город Каргополь, один из древнейших городов русского Севера, известен с XII в. Каргополье – самобытный очаг культуры, сложившийся в сложных условиях взаимоотношений финно-угорских и славянских племён, политического и экономического влияния Новгорода и Москвы, взаимного проникновения язычества и христианства. По одной из версий изображение барана в огне символизирует связь с языческим обрядом жертвоприношения барана, что было широко распространено на Русском Севере. В некоторых приходах Каргопольского уезда существовало «баранье воскресенье», во время которого крестьяне закалывали барана и приносили в жертву Илье-пророку. Видимо, этот ритуал и был положен в основу герба 1781 г. Белый цвет (серебро) – символ мудрости, чистоты, веры. Желтый цвет (золото) – это знак земного и небесного величия. Означает христианские добродетели: веру, справедливость, милосердие и смирение, и мирские качества: могущество, знатность, постоянство, богатство. Синий цвет (лазурь) - символ истины, чести и добродетели, чистого неба и водных просторов. Костёр – символ тепла, активности, домашнего очага. Красный цвет (червлень) – символ мужества, жизни, праздника, красоты. | 
