Флаг разработан на основе герба Холмогорского муниципального района. Холмогорская земля имеет богатую историю и культурные традиции, которые отражены на флаге Холмогорского муниципального района. Село Холмогоры известно XIV столетия. До основания Архангельска, Холмогоры были административным и торговым центром Придвинья. Символика ладьи на флаге района многозначна: - ладья как морское и речное судно указывает на то, что расположенное на берегу Северной Двины, село Холмогоры стало первым русским международным морским портом. Именно отсюда в 1492 году отправилось в Европу посольство Ивана III; - ладья, поддерживаемая двумя волнами, напоминает очертаниями колыбель - аллегория Холмогорской земли, которая стала колыбелью многих известных людей: великого русского ученого Михаила Васильевича Ломоносова, поэта Николая Рубцова, писателя Николая Жернакова. С этими местами связаны судьбы многих выдающихся людей, деятелей науки и искусства; - ладья и астрономический инструмент - квадрант символизируют мореходную школу, открытую в Холмогорах в 1781 году и являющейся старейшей морским училищем нашей страны. Квадрант на флаге Холмогорского муниципального района заимствованный из исторического герба уездного города Холмогоры, подчеркивает единство территории и неразрывность истории двух муниципальных образований. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений; цвет бескрайнего неба и водных просторов. | 
