Флаг Холмского сельского поселения языком символов и аллегорий отражает его исторические и географические особенности. Желтые холмы гласно указывают на название поселения и его центра - станицы Холмской, основанной в 1863 году. Станица Холмская была военно-административным центром, в котором располагался штаб Абинского полка и полковое правление. Гарнизоны Абинской и Холмской кордонных линий отражали нападение шапсугов (коренных жителей Прикавказья), живших по северным и южным склонам Кавказского хребта. Это символически отражено на флаге поселения изображением Абинской крепости. Абинская крепость на флаге Холмского поселения символизирует вхождение поселения в состав Абинского района. Зеленое поле флага символизирует богатую природу, развитое сельское хозяйство Холмского поселения. Зеленый цвет - символ плодородия, надежды, здоровья. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства. Одним из основных предприятий Холмского поселения является Холмский комбинат хлебопродуктов - одно из крупнейших предприятий переработки сельскохозяйственной продукции в Абинском районе. Желтый цвет на флаге поселения - символ богатого урожая, залог успешной работы комбината хлебопродуктов. Голубой пояс символизирует реку Хабль и другие реки, протекающие по территории поселения. Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. | 
