Остров Колгуев, составляющий всю территорию Колгуевского сельсовета и давшего ему свое имя, имеет форму близкую к кругу. Белый круг в центре полотнища - аллегория территории сельсовета. Волнистые клинья, сходящиеся к центру круга - аллегория холмисто-грядового рельефа в центральной части острова. Доминирующими формами рельефа острова являются долины рек, радиально расходящиеся от центра к берегам острова. Остров был открыт поморами в XIII-XIV веках. Длительное время оставался необитаемым. Первые ненцы появились на острове в начале XIX века. Традиционными видами хозяйственной деятельности населения острова являются оленеводство, морской зверобойный промысел, охота, рыбная ловля. В настоящее время оленье стадо составляет около 6000 голов. Это символически отражено в гербе сельсовета фигурой называемой местным населением "оленьи рога". Разведением оленей занимаются две бригады, что на флаге сельсовета показано двумя более широкими лазоревыми клиньями. Черная часть нижнего клина, как бы вытекающая из круга - символ открытого в 1982 г. в восточной части острова Песчаноозерского нефтяного месторождения, на котором в 1987 г. началась опытно-промышленная добыча нефти. Одновременно начато поисково-разведочное бурение в других частях острова. Добытая нефть вывозится танкерами в города Мурманск и Архангельск. Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Малиновый цвет (пурпур) - символ славы, власти, древности происхождения, достоинства. Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность. | 
