Флаг разработан на основе герба Красночикойского района. Красночикойский район расположен в юго-западной части Забайкальского края в зоне предгорной тайги, в бассейне озера Байкал и имеет высокую природоохранную значимость. Символика красной полосы многозначна: - красная полоса отсылает к названию района - Красночикойский, делая композицию флага гласной. - деление щита на красную главу и зеленое поле - образ географии района, где практически все населенные пункты расположены на севере района по автомобильной трассе Усть-Урлук - Ядрихино, проходящей через всю территорию района. На территории района созданы Ацинский заказник, Буркальский заказник, Сохондинский заповедник, проектируется Чикойский национальный парк. Дополняют символику желтые (золотые) кедровая ветвь и соболь указывая на природное богатство края и его гордость - кедровые леса и пушного зверя. Так, чикойский соболь отличается уникальным цветом меха - сочетание красного и зеленого цвета - аллегория государственной границы, южная граница района является государственной границей России с Монголией; зеленый и красный цвет - цвет пограничных столбов. Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, урожая, интеллекта и уважения. Красный цвет - символ силы, мужества, труда, красоты и праздника. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста. | 
