Флаг сельского поселения Куба создан на основе герба сельского поселения Куба и повторяет его символику. Баксанский муниципальный район, в который входит сельское поселение Куба, расположен в северо-восточной части Кабардино-Балкарии в предгорьях Северного Кавказа. Основание села Кубы относится к середине XVIII и началу XIX века (письменных источников, свидетельствующих об истории возникновения села нет; предполагаемая дата - 1744г.) Селение Куба расположено у правого, крутого берега старого русла р. Малка на границе со Ставропольским краем (станицы Марьинской - основанной в 1777г.) Куба в прошлом делилась на две части: Верхняя-Агубеково (Агубэчей) и нижняя - Атажукино (Хьэтэкьущыкъуей). Первыми поселенцами были подданные князя Атажукино, которые до переселения на берег Малки жили у восточной подошвы горы Машук, т.е. в районе современного города Пятигорска. В середине XVIII века, при строительстве на Северном Кавказе укрепленных линий и крепостей на кабардинской земле - мирные хлебопашцы покидали свои родные места от подножий горы Машук и переселились за реку Малку. В середине XVIII в. - вначале XIX в. один из сыновей Магомеда Атажукино - Хасанбий, со своими подвластными крестьянами, переселились на правый берег Малки и основали селение, которое носило его имя - Хьэсэнбий къуажэ. В 1862г. в этом селении насчитывалось 54 двора и 580 человек. Число жителей с. Хасанбия Атажукино увеличилось за счет переселенцев из других районов Кабарды и даже Северного Кавказа. Так например, Агубековцы (аул Агубеково) располагались сначала в районе Фендуко, в 1865г. переселились на правый берег р. Малки и расположились рядом с селением князя Хасанбия Атажукино. Так образовалось село Атажукино III. А среди народных масс его нередко называли Агубеково (Абгуэчей) или сел. Хасанби (Хьэсэнбий къуажэ). 8 июля 1920 года Атажукино III переименовано в села Куба. Символика сельского поселения Куба связана с историей образования села, сельско-хозяйственным укладом жизни и географией села: - история создания села Куба аллегорически показана в гербе яблоней, ствол которой образован двумя стволами, сросшимися, образно как два села, в одно; - символика яблони многозначна: символ плодородия; символ молодости и красоты, бессмертия; символ братства и согласия; - корни яблони - символ основания села, символ фундаментального, исторического единения природных и человеческих сил и традиций по созданию и развитию сельского поселения Куба; - цветы яблони - символ весны, благоухания и красоты, ожидания перемен и развития; - гора с двумя вершинами - аллегория Эльбруса (его двух пиков - 5642 м и 5621 м), являющегося самой высокой горной вершиной не только Кавказского хребта, но и России и Европы, показывает характер местности села Куба, расположенной в предгорьях Кавказа - зеленая полоса - аллегория земель села Куба, богатых предкавказским черноземом, и природно-климатических условий, которые позволяют успешно заниматься сельским хозяйством с весомыми достижениями в выращивании высоких урожаев зерновых культур; - основные цвета: синий (лазоревый), белый (серебро) и зеленый - совпадают с цветами флага Кабардино-Балкарской Республики, подчеркивая территориальную принадлежность сельского поселения Куба; Применённые во флаге цвета символизируют: Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. | 
