Куйтун (Хуйтен) - в переводе с бурятского "холодное место". Примерно в XVII веке енисейские казаки узнали о существовании бурят, занимавших почти всё Приангарье, и начали стремительно осваивать незнакомые территории и оттеснять коренных жителей на восток. По не уточненным данным, Куйтун (станец) стал заселяться в 1680 году и начинал развиваться как притрактовое село, через которое перевозилась государственная почта и различные грузы. Символика флага Куйтунского муниципального образования многозначна: - два жёлтых пояса - аллегория двух транспортных магистралей проходящих по территории поселения: Транссибирской железнодорожной Москва-Владивосток и автомобильной на Иркутск (бывший Сибирский тракт); - конь - символ транспорта для перевозки почты и грузов. Конь - основной помощник и кочевых племен, и исследователей и покорителей новых территорий. Символика коня - стремительность, неприхотливость, преданность, готовность к тяготам и невзгодам; - каравай с солонкой - символ гостеприимства местных жителей, их радушия при приёме гостей, их щедрость; - зелёный цвет символизирует богатые лесные угодья вокруг поселения, природу, здоровье, молодость и надежду; - белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; - жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; - красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника. | 
