Флаг Малобуяновского сельского поселения создан на основе герба Малобуяновского сельского поселения и повторяет его символику. В состав Малобуяновского сельского поселения входят деревни: Малое Буяново, Какерли-Шигали, Нижнее Буяново и село Трехизб-Шемурша, которые аллегорически показаны четырьмя крыльями ветряной мельницы. Мельница - символ преобразования, символ смирения, укрощения стихии на благо людей. Территория Малобуяновского сельского поселения граничит с Татарстаном. Здесь же проходит федеральная трасса "Цивильск - Ульяновск". Обе эти особенности аллегорически отражены делением флага на две части. Крылья мельницы на гербе изображены в перемену цвета с полями расположения, что образно показывает географическое положение сел на юг и север. В верхней синей части флага изображен золотой купол, символизирующий одну из старинных церквей - Николая Чудотворца (1892 г.) В нижней желтой части герба изображена зеленая дубовая ветка. Дуб - символ мощи, силы, вечности, спокойствия. Применённые в гербе цвета символизируют: Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду. | 
