Название самого муниципального образования и его административного центра села Мальта происходит от бурятского "мойкон" - "черемуха" или "моэлта" - "черемуховое место", что связано с обилием черемухи по правобережью реки Белая. Люди здесь появились примерно 25-20 тысяч лет назад, о чём свидетельствуют раскопки, обнаруженной палеолитической стоянки. В Мальте были обнаружены статуэтки палеолитических Венер изготовленных из бивня мамонта, гравированные изображения мамонтов. Впервые Мальта упоминается в документах в 1683 году. В XVII-XIX столетиях происходит развитие и становление села Мальта, как богатого села, через которое проходил московский тракт (в настоящее время тракт проходит вблизи села). Мальтинское поселение гордится наличием на своей территории богатых минеральных источников (лечебно-столовая минеральная вода "Мальтинская"), на основе которых функционирует санаторий "Мальтинский". Символика флага Мальтинского муниципального образования многозначна: - фонтан минеральной воды, струи которого переходят в цветы черемухи - полугласный символ и названия села и поселения и его минеральных источников, дарящих людям здоровье. Фонтан - символ источника жизни, символ любви и вдохновения; - полумесяц - символ Луны (по-гречески Селена), аллегория того, что состав местных минеральных вод включает редкий химический элемент "селен", являющийся для человека "биокорректором высшего ранга", поскольку входит наряду с цинком, кальцием и калием в состав более 200 гормонов и ферментов организма, регулируя работу всех органов и систем человека; - бивень мамонта - символизирует село Мальта как одну из наиболее известных позднепалеолитических стоянок Сибири, известной всему научному миру; Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. | 
