Флаг Марковского сельского поселения создан на основе герба Марковского сельского поселения и повторяет его многозначную символику. Три черных брикета символически показывают торфяники, с которыми тесно связаны история и экономика Марковского сельского поселения. Здесь, на непроходимых, труднодоступных землях Марковских болот в Ивановской области в 1928 году группой геологов-исследователей, рабочих и инженеров был основан поселок Марково-Сборное. Торф, добываемый жителями поселка, использовался для производства электроэнергии на Ивановской ГРЭС - одной из первых в России торфяных электростанций, построенной по плану ГОЭЛРО в 1920-е гг. Два нисходящих всплеска, словно два импульса, в контуре полосы внизу флага символизируют два бывших ведущих градообразующих предприятия Марковского сельского поселения: военный радиозавод "Волна" и "Промэнергоремонт". Чайка - это символ свободы, действия, которые необходимы для достижения цели. В то же время чайка символизирует богатый животный мир Марковского сельского поселения и его окрестностей; в то же время, чайка, парящая над лазоревым полем, - символический образ живописных окрестных озер, где обитают эти птицы. Примененные во флаге цвета символизируют: синий цвет (лазурь) - это символ чести, благородства, духовности и нравственности; черный цвет - символ мудрости, скромности, вечности бытия; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
