Флаг Монгун-Тайгинского кожууна составлен на основании герба Монгун-Тайгинского кожууна и повторяет его символику. Монгун-Тайгинский кожуун назван по имени высочайшей горы Монгун-Тайги, высота которой достигает 3978 метров над уровнем моря. Эта гора самая высокая не только в кожууне и Республике Тыва, но и во всей Восточной Сибири. Название горы Монгун-Тайга1, в переводе с тувинского языка, означает Серебряная гора - благодаря покрывающим её ледникам, красиво сверкающим на солнце. Гора Монгун-Тайга символически показана зеленой горой, окаймленной серебром. На территории кожууна находятся ещё две священные горы: Ак-Баштыг (Белая голова), пик которой имеет форму пятиконечной звезды, если смотреть сверху, и Биче Монгун-Тайга (Малая Серебряная гора). Гора - символ устойчивости, неизменности и твердости. Зеленая гора символизирует характер местности Монгун-Тайгинского кожууна, где при своеобразном сочетании тундр, лугов и степей высокогорного пояса, при почти полном отсутствии леса, очень много нетронутых человеком уголков природы и земель, используемых преимущественно как пастбища для выпаса овец и яков. Символика яка многозначна: - яки (в Тыве их называют сарлыками) - не только символ животноводства - основы экономики Монгун-Тайгинского кожууна, это настоящая гордость местных жителей: Монгун-Тайгинский кожуун занимает первое место по поголовью яков (сарлыков) в Республике Тыва. Яки дают молоко (из него получают масло и творог), мясо и шерсть, что позволяет жить и вести хозяйство в суровых высокогорных условиях; - изображение яка, часто используемое тувинцами, символизирует самобытную культуру жителей Монгун-Тайгинского кожууна; - як символизирует животный мир Монгун-Тайгинского кожууна; - это символ мощи, стойкости, защиты и непоколебимой силы. Як, зеленые поле и гора в синем поле символизируют гармоничное объединение природных сил и трудов человека, их неразрывную связь. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, верности, добродетели и свободы; зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения, цвет молока, почитаемого тувинцами; жёлтый цвет (золото) - символ вероисповедования местных жителей (буддизм), солнца как источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства. | 
