Символика фигур на флаге муниципального района "Нерчинский район" многозначна: Центральная фигура флага, его главный символ - орел, идентичен орлу из герба Нерчинского пехотного полка 1764 г., утвержденного Екатериной II, при составлении которого был использован герб г. Нерчинска, составленный в 1720-х гг. и утвержденный верховной властью в 1730 г. с описанием: "На серебре изображен орел одноглавый, держащий в когтях лук". В свою очередь этот герб был списан с государственной печати "Сибирские земли Даурских острогов" 1692 г., что являлось традицией в создании российских территориальных гербов в период укрепления русского централизованного государства и интенсивного освоения сибирских земель. Образ орла активно употреблялся в территориальной символике Восточной Сибири XVII-XIX вв. Главные острожные города XVII в. Албазин, Якутск, Иркутск и Нерчинск в качестве своих городских символов имели летящего одноглавого орла в различных видовых изображениях. С незапамятных времен существовал культ орла у сибирских коренных народов. Об этом свидетельствуют наскальные писаницы эпохи бронзового века с изображением орлов, во множестве открытые на территории Забайкалья академиком А.П. Окладниковым. Изображение летящего орла символизирует укрепление восточных рубежей сферы российской государственности; преемственность поколений; героизм первопроходцев, которые осваивали эту землю, возводили на ней города, поселения, охраняли и защищали рубежи Отечества. Лук в когтях орла символизирует мощь и неприкосновенность восточных границ России, а положение лука тетивой вниз означает употребление его в целях защиты. Разноцветные глыбы в нижних углах полотнища - аллегория склонов гор, символ расположения Нерчинского района в обширной Нерчинской котловине, во впадине между Борщовочным и Нерчинско-Куэнгинским хребтами. Глыбы символизируют минерально-сырьевую базу Нерчинского района: месторождения серебра, золота, ювелирных и поделочных камней, в том числе берилла, турмалина, топаза, граната, а также декоративно-облицовочного сырья. Белый цвет полотнища символизирует первое собственное серебро в России, которое было добыто на Нерчинских рудниках Забайкалья в 1704 году. Все фигуры, расположенные на полотнище, отражают историю муниципального района "Нерчинский район" и аллегорически символизируют дружбу народов, живущих на его территории. Цвета флага (красный, зеленый и желтый) находятся в едином цветовом решении с флагом Забайкальского края. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Желтый цвет (золото) - символ богатства, справедливости, стабильности. Оно символизирует также Забайкальское казачье войско. Забайкальские казаки традиционно носили желтые лампасы, погоны и околыши, и темно-зеленые мундиры. Чернь - символ благоразумия, мудрости, скромности, честности. Зелень - символ надежды, радости и изобилия. Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и красоты. Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. | 
