Символика фигур флага городского поселения Новоаганск многозначна: - черные стропила, заполненные белым цветом - аллегория нефтяных и газовых месторождений. Три стропила символизируют три основных предприятия поселения: Аганскую нефтегазоразведочную экспедицию, благодаря которой поселок возник и развивался, "Аган-бурение" - градообразующее предприятие и ОАО МПК "Аганнефтегазгеология"; - черные стропила на фоне золотого круга-безанта - аллегория "черного золота" - нефти, от добычи которой зависит благосостояние поселения; - золотое солнце с лучами в виде национального узора "оленьи рога" - символизирует расположение поселения в Ханты-Мансийском автономном округе - Югре, а также образно показывает красоту и благоустроенность поселения; - расположение лучей солнца соприкасающихся друг с другом - символ дружбы и взаимопомощи жителей поселения; - голубая полоса символизирует реку Аган, давшую имя поселению, отображённому на полотнище зеленой полосой. Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, солнечного тепла и энергии. | 
