Флаг разработан на основе герба Новокубанского района. Планомерное заселение территории современного Новокубанского района происходит в конце XVIII - начале XIX столетия. Имение "Хуторок" барона Штейнгеля было уникальнейшим хозяйственным комплексом, включавшем в себя винокуренный завод, высокоразвитые полеводство и скотоводство, виноградники, сады. Благодаря развитию хозяйства сюда была проведена отдельная железнодорожная ветка, имелась телефонная сеть. Деятельность Р.В. Штейнгеля самым благоприятным образом отразилась на общем развитии экономики региона и его социальной сфере. В усадьбе был проведён водопровод и канализация, сделаны дороги, построены школы, больница, жильё для работников Фигура червленого льва и два пересечённых молота, взятые из герба барона Р.В. Штейнгеля, напоминают нам о самом известном местном хозяйственнике. Рассечение поля на золото и лазурь символизирует историческую роль Новокубанских земель - охрана границ государства, здесь по берегам реки Кубань, которая протекает по территории района, проходили оборонительные пограничные линии. Колосья в лапах льва символизируют 8 сельских и 1 городское поселение, а золотой цвет символизируют развитие сельского хозяйства как основы экономики региона, которое стало возможно только после создания надёжных государственных границ. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности и уважения. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности. Красный цвет - символ мужества, силы, красоты, трудолюбия и праздника. | 
