Флаг разработан на основе герба Новониколаевского сельского поселения. Станица Новониколаевская была основана как поселок Ангелинский в 1843 году лицами казачьего сословия. 11 июня 1891 года решением Военного Совета Главного управления казачьих войск поселок Ангелинский станицы Староджерелиевской был преобразован в самостоятельную станицу Новониколаевскую. Высочайшее соизволение Императора на присвоение вновь образованной станице наименования Новониколаевской, в честь Его Императорского Высочества Государя Наследника Цесаревича на флаге отражено желтой (золотой) императорской короной. Красная зубчатая часть полотнища аллегорически символизирует славные воинские традиции: - станица была основана как казачье поселение, что также подчеркивается изображением казачьей шашки; - в годы Великой Отечественной войны здесь по линии Красноармейская-Новониколаевская проходил один из рубежей на подступах к Таманскому полуострову. Красный цвет - символ мужества и отваги, силы, труда. Белое (серебряное) полотнище с рядами зеленых ромбов - аллегория рисовых заливных полей - основной сельскохозяйственной культурой поселения является рис, здесь расположено самое крупное рисосеющее хозяйство района. Сельские хозяйства Новониколаевского поселения неоднократно занимают призовые места по итогам сбора урожая. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, почести. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста. | 
