Флаг разработан на основе герба сельского поселения Новопетровское. Населенные пункты, вошедшие в состав современного муниципального образования, имеют богатую историю, некоторые из них имеют многовековую историю. Так центр поселения село Новопетровское известно по первым письменным упоминаниям с XV столетия как село Петровское. Во второй половине века здесь приобрел земли князь Даниил Дмитриевич Холмский, находившийся тогда на службе у Великого князя Ивана III. Даниил Холмский был полководцем эпохи Ивана III, он фактически возглавил поход на Новгород 1471 года, выиграл битву на реке Шелони. Даниил Дмитрович руководил успешной обороной на Оке, во время нашествия хана Ахмата в 1480 г. В воспоминание о том, что с Новопетровским связано имя выдающегося полководца князя Даниила Холмского, чьи заслуги были настолько велики, что нашли свое отражение в увековечивании фигуры князя на памятнике Тысячелетия Руси, на флаге изображен княжеский шлем. Геральдическое шлемовое покрывало (намет) причудливо вьющееся по холму, на котором стоит шлем, также символизирует особенности природы поселения - ленты намета аллегорически отражают многочисленные реки, чьи истоки сходятся на холмах поселения. Выходящее сияющее солнце символизирует неразрывную историческую связь Новопетровского сельского поселения с Истринским районом: солнце - фигура герба Истринского муниципального района. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений. | 
