Флаг сельского поселения «Новотроицкое» составлен на основе герба сельского поселения «Новотроицкое» и языком символов и аллегорий отражает его административный состав, исторические, географические, природные богатства. Символика березовых листьев многозначна: – символизирует праздник Святую Троицу – в четверг до Троицы жители плетут на березах венки, и дома украшают ветками березы; – традиционный символ России, знаковое для всех русских дерево; – символ весны, чистоты, очищения; – символизирует молодость и природу, окружающую сельское поселение «Новотроицкое»; – состав сельского поселения «Новотроицкое», которое состоит из трех сел: Новотроицк – административный центр, Ильинка, Танха, что аллегорически показано тремя березовыми листьями. Две длани, держащие желтый (золотой) брусок (золотой слиток) – показывают на то, что история возникновения села Ильинка напрямую связана с золотодобычей. Село расположено в долине реки Кручина и начинает свой отсчет с 1890 года, когда купцы Шумовы начали разработку прииска Вознесенский. Ранее эта округа носила общее название - прииск Кручина. Синее (лазоревое) поле флага аллегорически показывает географическое расположение сельского поселения «Новотроицкое» на берегах реки Кручина и озера Новотроицкого (Кучегыр). Белый (серебряный) карась символизирует то, что на протяжении многих лет занятие местных жителей – рыболовство. Карась по праву считается главной добычей местных рыбаков. Карась, плывущий к древку, как бы попутно движению владельца флага, аллегорически показывает сохранение традиций прошлого, бережное отношение жителей к своему культурному наследию, связь времен через многочисленные поколения людей живших на этой земле. Перемена цвета с серебряного на лазурь аллегорически указывает на единство трудов человека и природных богатств. Примененные во флаге цвета символизируют: желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, прочности, богатства, величия, урожая; белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; синий цвет (лазурь) – символ ясного неба, верности и справедливости, красоты, благородства, любви к Родине; зеленый цвет – это цвет природы, означает плодородие полей и символизирует жизнь, здоровье, надежду, возрождение. | 
