Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические и природно-географические особенности сельского поселения Онуфриевское. Центр муниципального образования - село Онуфриево имеет многовековую историю. Первоначально здесь была расположена православная обитель во имя преподобного Онуфрия Великого - Онуфриев монастырь, вокруг которого со временем выросла слобода ставшая впоследствии селом. Успенский Онуфриевский мужской монастырь, что на Тростенском озере впервые письменно упоминается в межевой грамоте Великого князя Ивана Васильевича 1504 года. Сохранилось описание монастыря 1649 года: "Онофреев монастырь от Москвы 60 верст, стоит на озере, а в том монастыре церковь, и трапеза, и колокольня, и поварня, и хлебня, и покои каменные, и земли, и угодей не мало, и рыбная ловля в том озере есть, да подмонастырская слободка 20 дворов". В XVII веке существовала прямая дорога из Москвы до монастыря. Некогда известный монастырь со временем пришел в упадок, и до наших дней, к сожалению, не сохранился. Однако память о нем осталась не только в исторических документах, но и в названии села - Онуфриево. На флаге желтый (золотой) купол храма символизирует важное значение монастыря в истории сельского поселения. Волнистые полосы символизирует Тростенское озеро, рядом с которым расположено Онуфриево. Несмотря на то, что само озеро расположено в соседнем Рузском районе, история села тесно связана с ним. Желтые края - берега образно указывают на ледниковое происхождение озера, расположенного между холмами Клинско-Дмитровской гряды. Выходящее сияющее солнце символизирует неразрывную историческую связь сельского поселения Онуфриевское с Истринским районом: солнце - фигура герба Истринского муниципального района. Голубой цвет - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Желтый цвет (золото) - символ величия, богатства, стабильности, жизненной энергии Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. | 
