До революции деревня Пекша (административный центр сельского поселения) называлась Ям (Пекоцкий Ям) и входила в состав Покровского уезда Владимирской губернии. Ямом назывались почтовые станции, расположенные на трактах. Флаг муниципального образования Пекшинское составлен на основе герба муниципального образования Пекшинское и повторяет его символику, отражая историю поселения. Желтый (золотой) рожок - атрибут почтовых ямщиков, символизирует первоначальное предназначение поселения как почтовой станции. Почтовый рожок - символ предупреждения о предстоящих событиях и новостях. Белая (серебряная) перевязь, проходящая внутри изогнутой части рожка - символ Владимирского тракта, на котором располагалась деревня, а в настоящее время Федеральной автомобильной дороги М-7 "Волга" (Москва - Владимир - Нижний Новгород - Казань - Уфа). Владимирский тракт (аллегорически представленный во флаге широкой полосой) сопровожденный двумя узкими серебряными полосами (пешеходные дорожки) - основной мотив знаменитой картины И. Левитана "Владимирка", написанной художником в 1892 году. Художник жил тогда на отшибе деревни Городок (в дальнейшем слилась с Пекшей). Разделение поля флага на красное и зеленое - символическое разделение земель поселения на территории, освоенные жителями для жилья и нужд сельского хозяйства и природные леса и луга. Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника. Зелёный цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду. Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
