Флаг Селенгинского района создан на основе герба Селенгинского района и повторяет его символику. Во флаге Селенгинского района языком символов и аллегория отражена его природа, в гармонии с которой человек освобождается от мирской суеты, обретает способность творить и стремление к высокодуховной жизни. Три желтые (золотые) фигуры - луны, солнца и огня - образуют традиционный бурятский символ соёмбо (от санскр. swayambhu - "самозародившийся", в старомонгольской письменности soyombu, soyongbu). Соёмбо является древним комплексным символом, (восходящим к индо-буддийскому наследию), традиционный символ вечной жизни, свободы и независимости. Пламя (огонь) символизирует не только тепло и жизнь, но также считается символом хранителя домашнего очага и благополучия. Три язычка пламени олицетворяют процветание в трёх временах: прошлом, настоящем и будущем. Солнце - не только древнейший тотем, но и традиционный символ источника жизни, света, силы, богатства и изобилия. Луна (месяц) - символ циклических процессов, возрождения и плодородия. Фазы и циклы движения луны легли в основу системы восточного летоисчисления, первых календарей. Монгольские народы издавна почитали луну главным светилом и называли "отец-Луна". Символика серебряного (белого) гуся многозначна: - это гласный символ названия административного центра Селенгинского района - города Гусиноозёрска; - белый цвет издревле считался символом единства и целостности; - воздетые крылья гуся символизируют стремление к развитию и совершенству. Символику единства человека с природой дополняют зеленые горы и лазорево-серебряные волны. Зеленые, с серебряными (белыми) заснеженными вершинами, горы символизируют особенности рельефа Селенгинского района, большая часть которого находится в зоне горной тайги. - символ лечебно-оздоровительных источников Селенгинского района. Лазорево-серебряные волны символизируют многочисленные водоёмы Селенгинского района, многие из которых являются лечебно-оздоровительными источниками: - как аллегория пресных вод, лазоревые волны символизируют реку Селенга, давшую название Селенгинскому району, Гусиное озеро (бур. Галуута нуур), являющееся вторым по площади, после Байкала, водоёмом на территории Республики Бурятия, а также другие многочисленные реки и пресные озёра; - как аллегория солёных вод, серебряные волны символизируют озёра с гласными названиями Сульфатное и Солёное, а также другие солёные водоёмы Селенгинского района. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ безграничного небесного свода, возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы; зеленый цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, неизменности и постоянства. | 
