Флаг разработан на основе герба города Шахты. В 1805 году был основан и зарегистрирован в войсковой канцелярии Войска Донского хутор, на месте которого со временем вырос город Шахты. В память о происхождении, прошлом города, его традициях на флаге изображена волнистая голубая полоса и красная крепость - фигуры герба Войска Донского, Высочайше утвержденного 5 июля 1878 года (по старому стилю). В настоящее время крепость, стоящая на голубой полосе является фигурой герба Ростовской области и в этом качестве заимствование на флаге города Шахты подчеркивает значимость города в жизни региона. Положенные в центре полотнища фигуры символизируют отрасли промышленности, сыгравшие ключевую роль в становлении и развитии города: а) сквозной ромб (веретено) - символ текстильной промышленности города. На протяжении многих лет в городе работал один из крупнейших хлопчатобумажных комбинатов России; б) обушок - символ угле - и рудодобывающей промышленности, шахты не только являлись градообразующим производством города, но и дали ему название; в) молот в гербе города символизирует машиностроение, в городе и на сегодняшний день ряд предприятий работает в данной отрасли. Птица феникс возрождающаяся из пепла и огня символизирует сам город Шахты, который на протяжении многих лет справлялся с возникающими трудностями, возрождался и становился еще лучше и краше. Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, славы, уважения. Красный цвет - символ труда, силы, мужества, красоты и праздника. Голубой цвет - символ чести, духовности, возвышенных устремлений. Черный цвет - символ скромности, мудрости, плодородия, богатства недр. | 
