Флаг Шатойского сельского поселения составлен на основе герба Шатойского сельского поселения и повторяет его символику, языком символов и аллегорий отражая исторические и природные особенности поселения. Шатойское сельское поселение расположено в южной части Чеченской Республики на правом берегу реки Аргун в Аргунском ущелье. Два зеленых горных склона символизируют Аргунское ущелье - одно из крупнейших по протяжённости ущелий Кавказа. С древнейших времен Аргунское ущелье было важнейшей дорожной артерией. Через него проходили оживлённые межгосударственные пути в Грузию, Дагестан, Осетию. Именно через земли шатойцев по Аргунскому ущелью, наряду с Дарьялом, проходил путь из Европы в Азию, из России в Закавказье и Переднюю Азию. Русские посольства и торговые миссии следовали в Грузию здесь вплоть до конца XVIII века. Стремительно бегущей с гор серебряной волной символически показаны хрустальные воды реки Аргу?н (правый приток Сунжи в бассейне Терека). Символика двух боевых башен в гербе Шатойского сельского поселения многозначна: - земля Шатойского сельского поселения - хранительница истории, культурного наследия и древних традиций; это своеобразный археологический и архитектурный музей; - уникальные старинные башни, расположенные на левом берегу Аргуна, в одном километре к северо-западу от Шатоя возвышаются на склоне ущелья, из которых одна стоит чуть выше другой, что и показано в гербе; - боевые башни, охранявшие подступы к селу Хаккой-Шатой (с 1858 года военная крепость, штаб-квартира Куринского полка, ныне село Шатой, бывшее Советское) - символ защиты, неприступности, надежности; - в состав Шатойского сельского поселения входят два села Шатой и Хаккой, что аллегорически показано двумя башнями. Примененные в гербе цвета символизируют: зелёный цвет символизирует природу, сельское хозяйство, весну, здоровье, молодость и надежду; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
