Флаг Щегловского сельского поселения составлен основе герба Щегловского сельского поселения и повторяет его символику. Щегловское сельское поселение имеет богатую и интересную историю. Село Верхотомское - ныне одно из сел, входящих в состав Щегловского сельского поселения - по праву считается первым поселением русских сибиряков в окрестностях Кемерова. Через него проходила дорога из Томска в Кузнецк. По данным справочников А.А.Мытарева и В.М.Шабалина, Верхотомский острог основан в середине XVII века с целью отражения набегов калмыков и киргизов. Вскоре острог стал центром земледельческого освоения Среднего Притомья. Подробные сведения о Верхотомском остроге оставили участники Второй Академической экспедиции. Академик Г.Ф.Миллер в своем труде "Описание Томского уезда Тобольской провинции в Сибири в нынешнем его положении, в октябре 1734 г." сообщает: "Верхотомский острог, на восточном берегу Томи, в 94 верстах выше Сосновского острога. Построен он в 1665 году, и получил свое название от того, что расположен в верховьях Томи, на границе Кузнецкого уезда. Он находится на высокой горе и построен четырехугольным палисадом с боевой башней над воротами, которая снабжена одной медной полуфунтовой и одной чугунной двухфунтовой пушками. В остроге находятся изба приказчика, судная изба и амбары. Вокруг установлены рогатки и надолбы. Вне острога находятся частные дома вместе с церковью Вознесения Господня". Верхотомский острог стал важным опорным пунктом и сыграл существенную роль в деле освоения Сибири. Щеглы - гласный символ названия сельского поселения, вместе с тем символизируют стремление к свободе, открытость всему новому и готовность к переменам. Синий цвет (лазурь) символизирует реку Томь, на правом берегу которой расположено Щегловское сельское поселение. Черный цвет символизирует Черниговский угольный разрез. Примененные цвета символизируют: красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника; синий цвет (лазурь) - символ чести, красоты, благородства, духовности и чистого неба; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, солнечной энергии, богатства, силы, устойчивости и процветания. черный цвет - символ мудрости, вечности. | 
