Флаг сельского поселения Шеркалы составлен на основе герба сельского поселения Шеркалы и повторяет его символику. Шеркалы - это одно из древнейших поселений Западной Сибири. Судя по археологическим находкам, люди начали заселяться в этих местах уже более трех тысячелетий назад. Сначала таежные рыболовы и охотники облюбовали для поселения три живописных холма, омываемые с юго-запада Обью. В XII-XIV веках здесь жили не только предки современных ханты, но и древние коми, на их языке поселение называлось Шеркар, что означало "средний город": уже в самом названии подчеркивается стратегическое преимущество его расположения. Не случайно археологи предполагают, что укрепленный городок Шеркар в средние века мог быть столицей Кодского хантыйского княжества. В XVI веке городище погибло в результате сильного пожара, люди устроили новое поселение уже непосредственно на обском берегу. Считается, что современное село было основано русскими первопроходцами в 1595 году на месте древнего поселения ханты (отчет Макаровой Г.И. заведующей Октябрьским филиалом Ханты-Мансийского окружного краеведческого музея). Аллегория названия "средний город" передана равными делениями флага, волнистого пояса и фигуры национального хантыйского орнамента на две части переменных цветов. Национальный узор "оленьи рога" - символизирует самобытную культуру местного коренного населения. Река Обь символически показана волнистым поясом. Солнце, встающее из-за реки алым (червленым) кругом, символизирует надежду на возрождение и просветление будущего. Два осетра символизирует речные богатства, экологическую чистоту окрестностей поселения. Чайка, летящая над волнами, символизирует свободу людей, живущих на берегу могучей реки и единство с природой. Примененные во флаге цвета и металл дополняют его символику. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности. Красный цвет (червленый) - символ мужества, труда, тепла, красоты и праздника. | 
