Флаг Шойнинского сельсовета отражает исторические, экономические и природные особенности этого муниципального образования, в состав территории которого входят село Шойна и деревня Кия, расположенные за Полярным кругом. Населённые пункты возникли в устье одноименных тундровых речек впадающих в Белое море в двадцатых-тридцатых годах прошлого столетия. До этого здесь были лишь небольшие становища кочевых ненцев. Административным центром Шоинского сельсовета является село Шойна. Основные цвета флага (белый и голубой) символически отражают естественные цвета природы сельсовета: снежные просторы бескрайней зимней тундры, и цвет воды (Белого моря и реки Шойна). Фигура стропило - аллегория ненецкого чума, символизирует национальные особенности поселения и его принадлежность к Ненецкому автономному округу. Расположение Шойнского сельсовета за Полярным кругом символизирует белый диск зимнего солнца. Летящие гуси - символ государственного природного заказника, расположенного между реками Шойна и Торна - места гнездования ценных и редких птиц Заполярья. Лодка напоминает о временах, когда к причалам Шойны подходили иностранные суда плывшие к тому месту, где в амбаре купцы хранили свои товары. По одной из версий топоним "Шойна" связан с устаревшим немецким Scheune, что переводится как "амбар". Маяк на флаге - это стилизованный образ действующего и в настоящее время Шоинского морского маяка. Маяк - символ надежды, предупреждения и сообщения. Голубой цвет (лазурь) - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
