Флаг символизирует историко-географические и экономико-политические особенности Сковородинского района. История города Сковородино и всего Сковородинского района начинается в далеком 1650 году, когда известный землепроходец Ерофей Хабаров (в честь которого назван главный город Хабаровского края - Хабаровск, а также железнодорожная станция «Ерофей Павлович», расположенная на территории Сковородинского района) основал острог Албазинский. Этот острог (затем крепость Аблазин, в настоящее время село Албазино Сковородинского района) в честь заслуг по охране этих мест от внешних врагов получил в 1682 году печать, на которой был изображен орел со стрелами и луком. На современном гербе орел изображен побеждающим змею, которая в российской символике связана с образом неправедной силы. Малиновый орел на гербе символизирует благородство происхождения, древность, поскольку Сковородинский район - одно из первых мест в Амурской области, освоенное русскими переселенцами. Змея на гербе несет дополнительную смысловую нагрузку, гласно указывая на первоначальное название центра района – поселок Змеиный. Узкая оконечность из зелени и красного (традиционные цвета пограничного столба) символизирует расположение района на границе с Китаем (пограничный переход в селе Джалинда). Черно-белый пояс (традиционное изображение железной дороги на картах и схемах) символизирует железнодорожные магистрали, пересекающие район с запада на восток (Транссибирская магистраль) и с севера на юг (Дальневосточная железная дорога). Богатство здешнего края, в котором выделяется Верхне-Приамурская золото-молибденовая зона, отражены на флаге желтым полем щита. Желтый цвет – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, солнечного света. Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность. Белый цвет – символ чистоты, света, добра. Красный цвет – символ мужества, решимости, трудолюбия, жизнеутверждающей силы и красоты. Зеленый цвет символизирует здоровье, природу, сельское хозяйство. | 
