Флаг разработан на основе герба Смоленского сельского поселения. Центр сельского поселения - станица Смоленская основана казаками-переселенцами в 1864 году на берегу реки Афипс. Свое название станица получила по Смоленскому полку, участвовавшему в Кавказской войне и квартировавшему здесь. Изображенная на флаге пушка с райской птицей символизируют не только роль военных в основании населенных пунктов муниципального образования, но и перекликаясь со смоленским гербом указывают на историю возникновения названия сельского поселения. Изображение крепостной стены с волнистым краем и голубой каймой символизирует первоначально проходившую границу и линию обороны по берегу реки Афипс. Малиновый (пурпурный) цвет поля символизирует ключевую роль казачества в освоении и обустройстве здешних территорий. Пурпур - определяющий цвет запорожского, черноморского, а затем и кубанского казачества, в том числе казаков, переселившихся из казачьих станиц и основавших станицу Смоленскую. Пурпур - цвет достоинства, славы, почета и величия. Черный цвет - символ плодородия, мудрости, благоразумия, вечности бытия. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения; цвет спелых нив. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. | 
