Флаг разработан на основе герба Среднеякушкинского сельского поселения: Первые жители - чуваши - поселились в районе разъезда "Обамза" приблизительно в начале XVIII века. Появление калмыков на этой территории, вследствие крестьянской войны под предводительством Пугачева, согнало первых поселенцев в лес в Юртыш - это небольшой остров, окружённый озёрами и болотами. Оттуда люди выезжали на обработку земли в районы Средней и Верхней Якушки. В 1743 году посёлок Якушкино был нанесен на карту. Население чуваш росло, оно разделилось на три группы. Первые две ушли на юго-восток и организовали селения Средняя и Верхняя Якушки, а третья группа осталась на месте Нижней Якушки. Жители сёл Нижняя и Средняя Якушки обрабатывали вместе землю. Флаг Среднеякушкинского сельского поселения отражает его исторические и культурные особенности: Границы ступенчатого ромба, рассеченного на пурпурные и золотые поля, символизирует развитие Среднеякушкинского сельского посления. Так же край ромба схож с географической границей, нанесенной на карту середины XVIII века при межевании Симбирской губернии. Восьмилучевая везда - элемент традиционного чувашского орнамента. Пять звезд на флаге аллегорически символизирует пять населенных пунктов, входящих в состав Среднеякушкинского сельского поселения: село Средняя Якушка, село Верхняя Якушка, село Нижняя Якушка, разъезд Обамза, село Старая Малыкла; - желтый цвет (золото) - традиционный чувашский цвет - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. - пурпур (малиновый цвет) - традиционный чувашский цвет - символ власти, славы, почета, благородства происхождения, древности. | 
