Флаг Сут-Хольского кожууна составлен на основании герба Сут-Хольского кожууна и повторяет его символику. Во флаге Сут-Хольского кожууна языком символов и аллегорий отражено бережное отношение местных жителей к своей истории, традициям и обычаям предков, единство и гармония с природой, сохраняемые многими поколениями. Волнообразное белое поле герба символизирует священное для тувинцев высокогорное озеро Сут-Холь. Название Сут-Холь переводится как "молочное озеро", поскольку его воды прозрачны и чисты, а молоко считается у тувинцев символом чистоты. Символика быка многозначна: - это символ озерного синего Быка ("Холдун кок Бугазы"), который по легенде обитает в священном озере Сут-Холь. Когда хозяин озера, в гербе изображенный в наступательной позе, выходит из озера, раздаются раскаты грома, сверкают молнии, а по озеру начинают ходить волны, высотой больше человеческого роста, и с силой разбиваться о скалистые берега; - символ верности традициям и сохранения культурного наследия предков. Ежегодно на берегах озера Сут-Холь проводятся буддийские обряды и ритуалы, во время которых тувинцы приносят дары Хозяина озера, чтобы он помогал в получении хорошего урожая, улучшении благосостояния и защищал население от бед; - необычно изображенный бык символизирует самобытное декоративно-прикладное искусство - тувинскую резьбу по мягкому камню агальматолиту - распространенное в Сут-Хольском кожууне; - это символ мощи, уверенности, защиты и непоколебимой силы. Красная гора символизирует священную для тувинцев гору Кызыл-Тайга, расположенную на территории Сут-Хольского кожууна. Кызыл-Тайга, высота которой составляет 3121 метр, является самой высокой горной вершиной Западного Саяна. Название горы происходит от тувинских слов: кызыл - "красный" и тайга - "гора, покрытая лесом". Таким образом, красный цвет горы в гербе Сут-Хольского кожууна перекликается с ее названием и цветом песчаников и алевролитов, из которых преимущественно сложена гора Кызыл-Тайга. Солнце, восходящее над горой Кызыл-Тайга, - символ тепла, энергии, света, провидения, богатства и жизни. Семь видимых солнечных лучей символизируют семь сумонов (сельских поселений), входящих в состав Сут-Хольского кожууна: Ак-Дашский, Алдан-Маадырский, Бора-Тайгинский, Ишкинский, Кара-Чыраанский, Кызыл-Тайгинский, Суг-Аксынский. Примененные во флаге цвета символизируют: синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, добродетели и свободы; красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника; белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. | 
