Флаг Тере-Хольского кожууна составлен на основании герба Тере-Хольского кожууна и повторяет его символику. Во флаге Тере-Хольского кожууна языком символов и аллегорий отражены его характерные особенности, географическое положение и природа: - синий круг - символ озера Тере-Холь, от которого происходит название кожууна; - желтый круг (геральдическая фигура - безант) символизирует остров на озере Тере-Холь; - синий квадрат на желтом круге - символ средневековой островной военной крепости Пор-Бажын, построенной в VIII - IX вв. н. э. в период Уйгурского каганата. Руины крепости Пор-Бажын, сохранившиеся до наших дней, образуют в плане правильный прямоугольник, ориентированный по сторонам света. Ученые и исследователи до сих пор не сошлись во мнении по поводу причин необычного месторасположения крепости на острове посреди озера Тере-Холь. Об этом существует множество местных тувинских легенд. Согласно одной из них, однажды из колодца за стенами крепости начал бить фонтан воды (такое бывает при землетрясениях), и каган, испугавшись затопления, спешно покинул Пор-Бажын со всей свитой, чтобы укрыться в горах. А вода прибывала до тех пор, пока не образовалось озеро Тере-Холь; - острозубчатый белый пояс символизирует заснеженные горы, которые тянутся по поверхности нагорья Сангилен остроконечными грядами; - желтый безант - символ солнца, которое на рассвете одними из первых в Тыве встречают жители Тере-Хольского кожууна, расположенного на юго-востоке Республики; - синее поле символизирует высокое мирное небо; - зеленое поле - символ тайги, покрывающей большую часть территории Тере-Хольского кожууна. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, взаимоуважения и согласия в обществе; зеленый цвет - символ роста, надежды, молодости; белый цвет (серебро) - символ благородства, божественной мудрости, примирения, цвет молока, почитаемого тувинцами; жёлтый цвет (золото) - символ источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства. | 
