Флаг Тоджинского кожууна составлен на основании герба Тоджинского кожууна и повторяет его символику. Тоджинский кожуун расположен на северо-востоке Республики Тыва по своим природно-климатическим условиям относится к районам Крайнего Севера и является крупнейшим по площади кожууном республики. Во флаге Тоджинского кожууна языком символов и аллегорий отражены его географические и природно-климатические особенности, богатства природы, а также основные направления традиционной хозяйственной деятельности коренного населения тувинцев-тоджинцев - представителей малочисленных народов Сибири. Первое упоминание о тувинцах-тоджинцах было сделано известным исследователем народов Сибири Григорием Ивановичем Спасским ещё в начале XIX века. Благодаря работам Г. И. Спасского известно, что основным видом хозяйственной деятельности тоджинцев был круглогодичный охотничий промысел на мясных животных, главным образом копытных, и сезонный - на пушных, а также кочевое оленеводство - вьючно-верховое, с доением оленей. Пересечение двух желтых полос аллегорически образует форму чума - традиционного жилища тоджинцев, описанного Г. И. Спасским в своих трудах. Летом чумы крыли выделанной берестой, а в холодное время года - обработанными шкурами копытных. Символика оленя многозначна: - олень символизирует охотничий промысел: Тоджинский кожуун богат пушным зверем, дикими копытными животными, рыбой, боровой дичью и водоплавающими птицами; - олень - символ благородства, достоинства, возрождения. Бегущий олень - символ развития, прогресса и стремления к достижению цели. Олень и чум, как бы укрывающий его под своим сводом, символизируют традиционный уклад жизни тоджинцев, а также бережное отношение местных жителей к природе, их стремления сохранить и приумножить животный и растительный мир. Природа Тоджинского кожууна лаконично отражена в делении поля флага: - зеленая часть символизирует тайгу, которая покрывает большую часть территории кожууна - Тоджинскую котловину; - синее поле символизирует многочисленные реки и озера Тоджинского кожууна. Кувшинки - внесенное в Красную книгу РФ водное растение, произрастающее на территории Тоджинского кожууна. Кувшинка - символ чистоты, красоты, доброжелательности и открытости. Белый цвет кувшинки и северного оленя - цвет снега и льда - символизирует Тоджинский кожуун как район Крайнего Севера, с характерными суровыми природными условиями. Примененные во флаге цвета дополняют его символику: зеленый цвет - символ жизни, молодости, природы, роста, здоровья; синий цвет (лазурь) - символ чистого неба, возвышенных устремлений, взаимоуважения и согласия в обществе; белый цвет (серебро) - символ чистоты, невинности, мира, в то же время белый цвет перекликается с цветом чая с молоком - традиционного напитка, ассоциирующегося с гостеприимством и доброжелательностью тувинцев; желтый цвет (золото) - символ солнца как источника жизни, изобилия и искренности, высшей ценности, величия и богатства, кроме того золото считается цветом буддизма. | 
