Флаг Тонкинского района разработан на основе герба Тонкинского района и повторяет его символику. Упоминания о первых населенных пунктах на территории Тонкинского района появляются в исторических источниках в начале XVIII века. Вплоть до этого времени земля Тонкинского района была сплошь покрыта лесами, которые и сейчас занимают значительную её часть. Многократное чередование зеленого и золотого (желтого) цветов символизирует единую территорию Тонкинского района, где тесно переплетены и гармонично сосуществуют природа и сельское хозяйство. Ель и зеленые части символизируют леса и луга Тонкинского района, развитие лесоводства и деревообрабатывающей промышленности. Сноп и золотые (желтые) части - символы сельского хозяйства Тонкинского района. Основная река Тонкинского района Уста пересекает его земли с востока на запад и делит на две части, что символически показано лазоревой волнистой перевязью, разделяющей флаг пополам. Применённые во флаге цвета символизируют: Зеленый цвет - природу, весну, здоровье, надежду. Желтый - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая. Синий - символ возвышенных устремлений, преданности, мира. | 
