Флаг Трехбалтаевского сельского поселения на основе герба Трехбалтаевского сельского поселения и повторяет его символику. Символика Трехбалтаевского сельского поселения языком символов и аллегорий многозначно раскрывает его особенности. В состав Трехбалтаевского сельского поселения входят два населенных пункта: село Трехбалтаево и деревня Байдеряково, аллегорично показанные двумя яблонями: - символика яблони многозначна: символ плодородия; символ молодости и красоты, бессмертия; символ братства и согласия; - корни яблони - символ фундаментального, исторического единения природных и человеческих сил и традиций по созданию и развитию Трехбалтаевского сельского поселения; - плоды яблони - символ оправданных ожиданий результата труда, урожая; Верхняя часть флага, изображенная елеобразно, символизирует окрестности Трехбалтаевского сельского поселения богатые лесами. Лес - это и строительный материал, и целебные травы, и лесные ягоды и грибы. В сочетании с красной частью, двойное елеобразное деление флага образно символизирует то, что вдоль реки Карла во второй половине XVI века проходила Карлинская укрепленная засечная черта - Карлинский вал длиной 19 км, представляющий участок сторожевой линии Алатырь-Тетюши-Темников. В степной местности линия представляла вал со рвом, в лесной - засечную черту, которая тянулась на сотни километров. Внизу флага символически показана плотина с мурованными берегами на реке Карле, благодаря которой образовано большое водохранилище, снабжающее чистой водой поселения всего Шемуршинского района. Летящая чайка аллегорически указывает на величину водоема и чистоту воды. Применённые во флаге цвета символизируют: Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду. Красный цвет (червлень) - символ отваги, силы, труда, красоты и праздника. Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Жёлтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро)- символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
