Флаг Целинного района составлен на основании герба Целинного района и повторяет его символику, языком геральдических символов и аллегорий лаконично отражая его административный состав, природные богатства и основной вид деятельности местного населения. Во все фигуры флага заложена многозначная символика. Название Целинного района говорит само за себя: это – сельскохозяйственные земли, лежащие на востоке Алтайского края, освоенные благодаря трудовому подвигу людей в 1954-1959 гг. Район был образован 27 мая 1924 года (до 1960 года он именовался Яминским). По географическому положению район относится к восточным территориям Алтайского края. Рельеф представляет собой волнистую равнину на Бийско-Чумышской возвышенности. Административный центр – село Целинное, основанное в 1778 году. Вертикальная линия деление полотнища аллегорически символизирует то, что по территории района проходит автомобильная трасса Бийск – Новокузнецк. Чередование зеленых и пурпурных полей флага символически многозначно указывает: – освоение целины: когда зеленые залежи земли чередуются с перепаханными полями, символически показанные пурпуром (бордовым цветом – цветом, близким к цвету вспаханной земли); – зеленый цвет символизирует также посевные работы, выращивание сельскохозяйственных культур; – перемена цвета с зеленого на бордовый (пурпурный) аллегорически указывает на единство трудов человека и природных богатств. Сноп – традиционный символ сельского хозяйства, богатства земли, благосостояния людей, на ней живущих, а также символ сплочённости. Двенадцать видимых колосьев символизируют двенадцать сельсоветов, входящих в состав района: Бочкарёвский, Воеводский, Дружбинский, Еландинский, Ложкинский, Марушинский, Овсянниковский, Степно-Чумышский, Сухо-Чемровский, Хомутинский, Целинный (в нем расположен административный центр – село Целинное), Шалапский. Каждый из них имеет свою историю с разнообразием достопримечательностей и жизни местного населения. Плуг – символ обновления, начала новой жизни, сельского хозяйства в целом, а не только вспашки поля. Три лемеха на балке – часть плуга, прицепляемого к трактору, который был главными символом освоения целины. Так, в селе Целинное подобный трактор установлен на постаменте «В честь освоения целинные земель». Находится этот памятник в селе рядом Районным Домом культуры. На территории района находится памятник природы краевого значения «Урочище Венерин башмачок», который был создан для сохранения редкого вида растения, занесенного в Красную книгу Алтайского края – Венерин башмачок – изображённый на флаге. Венерин башмачок – символ чистоты, совершенства и красоты, аллегорически показывает красивую природу района. Таким образом, флаг Целинного района не только отражает его природу и основной вид деятельности местного населения, но также символизирует его историю, показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому. Применённые во флаге цвета и металлы символизируют: желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая; белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения; зеленый цвет – символ жизни, молодости, природы, роста, здоровья; пурпур (бордовый цвет) – символ древнего происхождения, знатности, могущества, справедливости, достоинства и уважения. | 
